Im Oktober 1792 besetzten französischen Revolutionstruppen Mainz. St. Johannis wurde zum Lagerhaus, die Nutzung als Kirche und Stift war damit vorerst vorbei. 

Doch die Mainzer Republik endete bald im Donner der preußischen Kanonen. Da die Angreifer in der Kirche fälschlich ein militärisches Vorratslager vermuteten, wurde sie gezielt beschossen, was zu Zerstörungen an Dach, Gewölbe und Kircheninnerem führte. Nach der Eroberung der Stadt folgten weitere Schäden, da die Armee die Kirche zur Räucherung von Fleisch nutzte. 

Als Mainz Ende 1797 erneut an Frankreich fiel, leitete dies das endgültige Ende der Stifte St. Johannis und St. Viktor ein, die bis dahin den Alten Dom nutzten. Auf Beschluss Napoleons wurden im Sommer 1802 alle Stifte und Klöster aufgelöst und ihre Besitzungen verstaatlicht. Fast gleichzeitig wurde mit dem Kultgesetz vom 8. April 1802 die Gründung der ersten evangelischen Gemeinde in Mainz ermöglicht. Diese allererste Unionsgemeinde aus Lutheranern und Reformierten bekam zunächst die Altmünsterkirche, später die Kirche des Welschnonnenklosters als Gotteshaus zugewiesen. Der erste Gottesdienst am 2. Mai 1802 war zugleich eine große Feier zur Wiedereinsetzung der Religion in Mainz. Für die evangelische Gemeinde war die Kirche jedoch bald zu klein, so dass man sich nach einer Alternative umsah. Man fand sie schließlich in St. Johannis.

Ein Neuanfang 1828 

Für über zweieinhalb Jahrzehnte hatte es in der Johanniskirche keinen Gottesdienst mehr gegeben, zuletzt war sie als Militärdepot genutzt worden. Die Verhandlungen mit der Bundesfestung Mainz zogen sich lange hin, doch schließlich kam die Kirche 1828 im Tausch mit der Welschnonnenkirche an die evangelische Gemeinde. Die notwendigen Wiederherstellungsmaßnahmen erwiesen sich als umfangreicher als erwartet.

Die Ostfassade wurde abgebrochen und ein neues Eingangsportal errichtet, im Westchor eine Orgelempore eingerichtet, der Kreuzgang im Norden beseitigt und die Bögen zu den Seitenschiffen zugemauert, um in diesen Läden einzurichten. So entstand eine einschiffige Saalkirche mit Emporen, die den Bedürfnissen des evangelischen Gottesdienstes entsprach.

Am 7. November 1830 konnte schließlich Pfarrer Friedrich Christian Nonweiler den Eröffnungsgottesdienst feiern. Die evangelische Gemeinde zählte bei ihrer Gründung 1802 nicht mehr als 600 Angehörige; im Jahre 1816 waren es bereits über 1500, davon etwa 1300 Lutheraner und 250 Reformierte. 

Die Gemeinde wuchs stetig und in St. Johannis wurde regelmäßig weiter gebaut. 1884 wurde eine neue Orgel eingebaut und die Kanzel vom Altar weg versetzt. Als Anfang des 20. Jahrhunderts die Christuskirche eingeweiht und als größte evangelische Kirche zur neuen Hauptkirche der Stadt wurde, gestaltete man St. Johannis im Geiste der Zeit um. Unter der Leitung von Friedrich Pützer wurde aus dem Alten Dom eine wunderschöne Jugendstilkirche. Im Mittelschiff ersetzte man das über zwei Jahrhunderte alte Holzgewölbe durch eine Flachdecke und stellte einen neuen Altar auf. Im Ostteil entstanden eine Vorhalle und ein oberer Saal sowie ein neues Eingangsportal. Das südliche Seitenschiff wurde abgerissen und zur Unterbringung von Gemeinderäumen neu aufgebaut. Die farbenprächtige Ausmalung übernahm die Firma Gebrüder Linnemann. Erstmals fanden begleitend umfangreiche Grabungen statt. Schon damals wurde vermutet, dass St. Johannis der Alte Dom und damit die erste Mainzer Bischofskirche sei.